呼吸内科（呼吸与危重症医学科/PCCM）始建于1988年，是山东省呼吸疾病研究所核心科室，现为国家临床重点专科建设项目、首批“国家呼吸临床研究中心核心单位”、山东省呼吸区域医疗中心、山东省临床重点专科、山东省卫生健康委呼吸质量控制中心、济南市呼吸疾病临床医学研究中心、国家呼吸与危重症医学科规范化建设“优秀学科”、国家PCCM专修基地，肺功能、呼吸介入、MICU/RICU单修基地、中国康复医学会呼吸康复专科培训基地。2018年入选国家呼吸系统疑难病症诊治能力提升工程项目储备库名单（全国呼吸疾病专业仅9家）。

科室现有医生31人，其中博导1人，主任医师6人，副主任医师12人，护士98人。学科设有四个护理单元，专科病房3个，床位135张；RICU床位25张。学科带头人董亮教授，为山东省新型冠状病毒肺炎疫情处置工作指挥部医疗救治专家组组长，山东省五一劳动奖章获得者，山东省卫健委呼吸质量控制中心主任，山东省医师协会呼吸疑难罕见病医师分会、山东省医学会支气管哮喘多学科联合委员会主任委员；在支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部肿瘤的诊断与治疗，以及危重症抢救与治疗中具有丰富经验。

2019年7月，山东省呼吸疾病研究所批复成立。研究所下设基础研究所、临床呼吸中心与山东省疑难罕见病会诊中心，可开展呼吸专业领域疾病诊疗及前沿医学科学研究。2020年，医院成立“呼吸专科医联体”，随着不断发展壮大，目前医联体单位86家，其中包含山东省各级基层单位71家。

科室亚专业方向划分明确，共设置有肺癌、感染、哮喘、肺间质病、慢阻肺、肺栓塞与肺血管疾病、睡眠呼吸障碍性疾病、肺康复、呼吸危重症九个亚专业方向。设置呼吸腔镜诊疗中心、过敏性疾病门诊、呼吸疾病临床研究平台、肺功能诊疗室、呼吸综合门诊，以及呼吸疑难罕见病会诊中心及专病门诊等。

目前，山东省呼吸疾病研究所正在积极申报国家呼吸区域医疗中心，在包含变态反应疾病诊治、呼吸腔镜介入诊疗技术、肺血管介入等呼吸系统特色专科与优势诊疗技术基础上，建立了系统的呼吸系统疾病与疑难罕见病诊疗模式与特色专家团队。